伴随着魂导科技的进步，斗罗大陆上的人类征服了海洋，又发现了两片大陆。魂兽也随着人类魂师的猎杀走向消亡，沉睡无数年的魂兽之王在星斗大森林最后的净土苏醒，它要带领仅存的族人，向人类复仇！生活在斗罗大陆上的少年唐舞麟因为武魂是蓝银草，一直被嘲笑轻视。一次意外受伤中他发现：自己身体里面有一条由18道封印封禁的金龙，守护着自己的那缕神识告诉他，如果不逐步解开封印，自己将爆体而亡……
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为了拯救危难中的村民，阿斯达卡的右手中了凶煞神的诅咒。达卡只好离开亲人往西方流浪以寻找解除诅咒的方法。旅途中他遇到了由幻姬大人带领的穷苦村民在麒麟兽的森林里开采铁矿，提炼矿石。 白狼神莫娜和她养大的人类女孩“幽灵公主”桑对幻姬恨之入骨，因为她们觉得幻姬带领众人破坏了森林。想帮助人类的阿斯达卡被桑深深吸引，他理解她，但为了帮助穷人又不得不和她作战。一次战斗中，阿斯达卡被麒麟兽所救，他的立场更加摇摆不定。 这时，以疙瘩和尚为首的一群人来杀麒麟兽，幻姬以火枪击毙了麒麟，麒麟的头被疙瘩和尚抢走。愤怒的麒麟的灵魂为夺回自己的头，大肆破坏着森林。阿斯达卡和桑联手决定帮麒麟夺回头颅。
前朝公主镜折将自己心爱的青罗伞送至念物阁珍藏，临行前她希望青罗伞可以陪伴着前朝将军的黑玉剑。青罗伞的物灵青黛为实现主人的愿望，在念物阁寻找到黑玉剑的物灵忘归。而忘归却一心想为前主人报仇，找到机会逃出了念物阁。为了阻止忘归再次在人间挑起战争，青黛与天才工匠少年墨阳一起踏上了寻找忘归的路。一路上惊险重重，在一人一物灵的通力合作下，最终他们成功让忘归放弃仇恨，并且阻止了念物阁一场前所未有的危机。然而，他们也付出了巨大的代价......
故事发生在以音乐为中心、次文化兴盛的涩谷，与能映射出人们内心“真正的心愿”的「世界」中。某天，一直用音乐给人们带去力量的虚拟歌手初音未来，发现自己的歌声无论怎样都无法传达出去……而一群在「世界」中追寻音乐梦想的少年少女们与初音未来相遇，共同寻找着可以让初音未来“将歌声传达出去”的方法。
三年前的8月31日，“侵略者”巨大的母舰突如其来地降临在东京，眼看这个世界即将迎来末日。自此之后，绝望渐渐地融入了日常生活；大大的飞碟盘旋于空中，今天也依然不变地持续环绕着世界。而在还没有来到世界末日的此刻，小山门出、中川凰兰这两个高中女生的青春时代才正要展开。
